Tereny dzisiejszego powiatu biłgorajskiego wchodziły w roku 1863 prawie w całości w skład ówczesnego powiatu zamojskiego, który stanowił południowo-zachodnią część Guberni Lubelskiej. Siedziba władz administracyjnych i wojskowych powiatu znajdowała się w Janowie Ordynackim (obecny Janów Lubelski). Powiat zamojski swym zasięgiem obejmował teren od Tomaszowa, Krzeszowa, Zamościa, aż do Kraśnika. Południowa i zachodnia granica ówczesnego powiatu zamojskiego była zarazem granicą Wielkiego Imperium Rosyjskiego. To położenie pomiędzy dwoma zaborami: austriackim a rosyjskim miało duży wpływ na rozwój wypadków podczas Powstania Styczniowego.

     Latem 1862 roku Leon Frankowski, komisarz Komitetu Centralnego na województwo lubelskie, zjawił się w Biłgoraju, gdzie pozyskał dla sprawy powstańcze miejscowego aptekarza Juliana Jasińskiego, który został mianowany rewolucyjnym naczelnikiem miasta Biłgoraja (aresztowany 6 lipca, zwolniony 6 sierpnia). Biłgorajski poczmistrz Trębicki został mianowany naczelnikiem powiatowym na cały powiat zamojski, w skład organizacji spiskowej zaangażowany był burmistrz miasta Antoni Matuszkiewicz (za sprzyjanie powstaniu został aresztowany i wysłany w głąb Rosji), jak również proboszcz biłgorajski ks. Bartłomiej Chwała (musiał uciekać przed aresztowaniem do Galicji – Leżajsk, Rzeszów, skąd udał się do Jass w Mołdawii), organista z Puszczy Solskiej mieszkający w Biłgoraju Józef Skowierzak, kancelista sądu w Biłgoraju Koziejewski (poległ pod Tomaszowem), rejent Podbielski, Leon Malholme, dziedzica majątku w Soli, Julian Puchała właściciel dworu w Kątach (musiał uciekać do Galicji), włościanin Rapa z Kątów, Hilary Krzęciejewski, właściciel Radzięcina i jego syn Stanisław (pełnili urząd naczelnika cywilnego powiatu zamojskiego), o. Dionizy Tronowski z Klasztoru OO. Franciszkanów w Puszczy Solskiej (aresztowany i zesłany na Syberię do Tunki), Konstanty Kaner.

     Komitet Centralny Narodowy w 1862 r. podzielił kraj na województwa (jak przed zaborami). Województwa zaś podzielono na istniejące powiaty i tak województwo lubelskie składało się z 4 powiatów: hrubieszowskiego, krasnostawskiego, lubelskiego i zamojskiego. Powiaty podzielono na obwody składające się z okręgów, a te dzieliły się na parafie i miejscowości.

     Tereny dzisiejszego powiatu w większości znajdowały się na obszarze ówczesnego powiatu zamojskiego. Jedynie okolice Turobina należały do powiatu krasnostawskiego.

     Powiat zamojski podzielony był na obwody. Jednym z nich był obwód biłgorajski składający się z 4 okręgów: biłgorajskiego, frampolskiego (setnikiem był Julian Puchała, właściciel wsi Kąty), józefowskiego (setnikiem był Miklaszewski z Osuch, oficjalista ordynacki) i tarnogrodzkiego (setnikiem był Grodnicki z Majdanu Księżpolskiego, oficjalista ordynacki).
     W lutym 1862 Robert Alfred Przegaliński przybył do Szczebrzeszyna i jak wspomina „najpierw wciągnęli mnie na listę członków organizacji przybyli z Biłgoraja tamtejszy Naczelnik Miasta, aptekarz Jasiński z Biłgoraja, w towarzystwie nieznanego mi Komisarza CKN” – legitymujący się jedynie pieczątką. Komisarz zamianował tymczasowym naczelnikiem miasta Szczebrzeszyna i jednocześnie dowódcą setki sprzysiężonych mieszkańców Roberta Alfreda Przegalińskiego, podpisarza Sądu Pokoju. Pod jego komendą było 10 dziesiętników, a oprócz tego został on mianowany tajemnym agentem, mającym dostarczać wszelkiego rodzaju wiadomości Urzędowym Komisarzom.

     We wrześniu 1862 roku do Szczebrzeszyna przybył osobiści Jeneralny Komisarz CKN Frankowski Karol (Leon ?) i tenże zorganizował cały zarząd miasta i okolicy. Naczelnikiem miasta mianował aptekarza Topolskiego, pomocnikiem Przegalińskiego i w dalszym ciągu setnikiem, kasjerem wikarego ks. Apolinarego Łopuskiego, gospodarzami miasta (Rada): malarza Majewskiego, restauratora Pawłowskiego i paru mieszczan. Urządzenie komunikacji ze Szcebrzeszyna z okolicą: z Zamościem – ks. Wikary Kazimierz Wójcicki (Naczelnik Miasta), z Janowem (Jan Przegaliński, ojciec Roberta – sędzia Sądu Poprawczego), z Krasnikiem – Siekierzyński, dzierżawca folwarku Kurotkowice. Wszystkie zebrane wiadomości Przegaliński zdawał bardzo czynnemu i gorliwemu agentowi CKN Stanisławowi Kochańskiemu. Przegalińskie przebywał w Szczebrzeszynie do października 1863 r, kiedy to przeniósł się na nową posadę do Kraśnika. Ks. Marcin Padziński, czynny członek organizacji, przywiózł do Szczebrzeszyna Manifest CKN (RN) nakazujący wybuch w nocy 22 na 23 stycznia 1863 roku.